Next Generation Sequencing (NGS)
I nostri servizi NGS includono opzioni standard e personalizzate, dalla fase di estrazione del DNA al sequenziamento fino all’analisi bioinformatica per metagenomica, metatrascrittomica, Whole Genome Sequencing (WGS) e Whole Exome Sequencing (WES), offrendo ai nostri clienti la flessibilità di scegliere tra diverse strategie di sequenziamento su misura per le loro specifiche applicazioni di ricerca. Utilizziamo le più recenti piattaforme NGS per il sequenziamento tramite short- e long-reads, garantendo dati di massima qualità.Il nostro team collabora strettamente con i ricercatori su progetti caraterizzati anche da campioni di natura complessa o che richiedono approcci personalizzati per il sequenziamento e l’analisi dei dati, fornendo i migliori risultati per supportare gli obiettivi di ricerca di ogni cliente. Le nostre pipeline di analisi open-source permettono una completa trasparenza e garantiscono i più elevati standard di accuratezza, flessibilità e scalabilità. Questo approccio assicura dati affidabili e favorisce la collaborazione, consentendo ai nostri clienti di raggiungere risultati solidi e riproducibili, essenziali per una ricerca scientifica di alto livello.
Metagenomica
La metagenomica shotgun offre una visione completa della comunità microbica presente in un’ecosistema specifico. Il nostro servizio utilizza tecnologie di sequenziamento e software all’avanguardia per identificare e caratterizzare una vasta gamma di batteri, virus, funghi e altri microrganismi, sia noti che sconosciuti, definendo le loro capacità funzionali, le interazioni e il loro potenziale impatto sulla salute o su specifiche applicazioni.
Metatrascrittomica
La metagenomica shotgun offre una visione completa della comunità microbica presente in un’ecosistema specifico. Il nostro servizio utilizza tecnologie di sequenziamento, metodi di spike-in per la quantificazione delle abbondanze assolute e software all’avanguardia per identificare e caratterizzare una vasta gamma di batteri, virus, funghi e altri microrganismi, sia noti che sconosciuti, definendo le loro capacità funzionali, le interazioni e il loro potenziale impatto sulla salute o su specifiche applicazioni.
Whole Genome Sequencing (WGS)
I nostri servizi di Whole Genome Sequencing (WGS), focalizzati sul risequenziamento, possono essere applicati in diversi campi di studio, dalla biologia evolutiva alla ricerca biomedica. Questa metodologia è efficiente e conveniente, ideale per lo studio dei genomi di organismi più comuni e per l’identificazione di specifiche variazioni genetiche.In aggiunta, il nostro servizio di sequenziamento de novo offre l’assemblaggio e l’annotazione di genomi per specie che non sono ancora state sequenziate o per quelle i cui genomi di riferimento disponibili pubblicamente sono incompleti. Questo approccio consente di assemblare sequenze contigue più lunghe di materiale genetico in modo indipendente, senza fare affidamento su una sequenza di riferimento esistente.
Analisi dei dati
Nelle comunità microbiche, i singoli ceppi sono fondamentali per determinarne le capacità funzionali. Utilizziamo i software più avanzati per caratterizzare geneticamente e funzionalmente le specie microbiche, adottando sia approcci metagenomici “assembly-based” che “assembly-free”. Grazie alla nostra pipeline bioinformatica siamo in grado di esplorare in dettaglio le comunità microbiche, individuando associazioni tra singoli ceppi e diverse condizioni di salute o fenotipi, nonché a caratterizzare l’evoluzione e la trasmissione dei ceppi microbici.
Il profilo funzionale microbico mira a descrivere il potenziale di una comunità microbica e dei suoi singoli membri. Grazie all’impiego dei più recenti strumenti computazionali disponibili, siamo in grado di tracciare un profilo dei pathway microbici e della loro abbondanza all’interno di una comunità, in modo efficiente e accurato, basandoci sui risultati del sequenziamento sia della metagenomica che della metatrascrittomica.
Il machine learning riveste un ruolo fondamentale e in costante sviluppo nell’ambito della metagenomica, dove viene impiegato per diversi scopi, tra cui l’associazione tra le caratteristiche del microbioma umano e i fenotipi dell’ospite o la presenza di malattie complesse. I metodi di machine learning spesso impiegati nella ricerca clinica e di base comprendono la classificazione, la regressione e il clustering, nonchè l’identificazione di biomarcatori specifici per diversi gruppi di interesse che risulta essere cruciale nell’ambito della ricerca clinica.
Utilizziamo algoritmi di apprendimento automatico personalizzati e analisi dei biomarcatori per progetti di metagenomica e metatrascrittomica.
La crescente diffusione globale della resistenza antimicrobica rappresenta una delle principali preoccupazioni, rendendo la ricerca dei geni di resistenza agli antibiotici tra le comunità microbiche un’area di notevole interesse. Offriamo una soluzione per identificare i geni AMR utilizzando database aggiornati e algoritmi avanzati, al fine di ottenere informazioni riguardo alla prevalenza e all’abbondanza relativa di tali geni.
Design di progetti di ricerca e sviluppo e studi clinici
Forniamo soluzioni su misura per ottimizzare i protocolli di studio, garantendo l’uso di metodi validati, efficienza e conformità agli standard normativi. Dallo sviluppo del protocollo e la pianificazione dell’analisi statistica alla selezione degli endpoint e la valutazione del rischio, i nostri servizi sono realizzati per migliorare la qualità e il successo dei vostri progetti di ricerca e sviluppo.