PreBiomics Beta Program
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PreBiomics Beta Program
Progetto concluso
Più di cinquanta cliniche odontoiatriche italiane hanno partecipato al progetto di ricerca promosso da PreBiomics tra il 2020 e il 2022, contribuendo alla creazione del più grande database di microbioma orale umano attualmente disponibile. L’entusiasmo, la dedizione e la passione dei Beta Tester di PreBiomics hanno fornito un impulso fondamentale, che ha permesso lo sviluppo di un approccio rivoluzionario e personalizzato per la prevenzione e per il trattamento delle malattie perimplantari.

| A.P.G.R. – Roma Dott. Giovanni Di Caccamo Dott. Riccardo Caracci |
Studio Dentistico Associato Gobbato – Padova Dott. Luca Gobbato Dott. Simonetta Marchesan |
| Bressan Associati Studio Dentistico – Pordenone Prof. Eriberto BressanDott. Riccardo Martarello |
Studio Dentistico Associato Paniz – Padova Dott. Gianluca Paniz Dott.ssa Sofia Drivas Dott.ssa Anna Zorzo Dott.ssa Carola Bordin Dott.ssa Cristina Preghel |
| Centro Dentale Francesca Manfrini – Trento Dott.ssa Francesca Manfrini |
Studio Dentistico Barcelli – Trento Dott. Nicola BarcelliDott. Federico Folchini |
| Centro Medico Odontoiatrico Torrisi – Catania Dott. Paolo Torrisi |
Studio Dentistico Candiago – Pordenone Dott. Jacopo Candiago Dott.ssa Teresa Gutiérrez |
| Centro Odontoiatrico Dott. Oreglia – Verona Dott. Francesco Oreglia Dott.ssa Silvia Tomassini Dott.ssa Claudia Ocera Dott.ssa Denisa Matei |
Studio Dentistico Donati – Perugia Dott. Mauro Donati |
| Centro Odontoiatrico Sforza – Bologna Dott. Nicola Marco Sforza Dott.ssa Mascia Ronconi Dott. Leoluca Valeriani Dott.ssa Anna Franchini |
Studio Dentistico Dott. Cardaropoli – Torino Dott. Daniele Cardaropoli |
| Centro Odontoiatrico Tommaseo – Trieste Dott. Massimo Sossi Dott.ssa Elisa Sossi Dott.ssa Ilaria de VisintiniDott. Gianni de VisintiniDott.ssa Mirta Cozzolino Dott.ssa Elisa Ritossa |
Studio dentistico dr Thomas Zorzi odontoiatra – Trento Dott. Thomas Zorzi Dott.ssa Nicoletta Corradini |
| Dott.ssa Martina Stefanini – Bologna Dott.ssa Martina Stefanini Dott.ssa Alice Riccardi Dott.ssa Mariam Ben Mahdhi |
Studio Dentistico Fumarola Dott. Martino – Trento Dott. Martino Fumarola |
| in-4 Studio dentistico associato – Verona Dott. Luca Landi Dott.ssa Francesca Rizzi Dott.ssa Sara Fontana Dott.ssa Caterina Pagliari |
Studio Dentistico Guazzo – Vicenza Dott. Riccardo Guazzo |
| Maia Dentis – Bolzano Dott. Antonio Bonaccorso Dott.ssa Daniela Vicentini |
Studio dentistico Ometto – Treviso Dott. Lucio Ometto Dott.ssa Annachiara Trevisan |
| Microdental di Dott. Giovanni Sammarco – Trento Dott. Giovanni Sammarco Dott.ssa Silvia Bortolotti |
Studio Dentistico Pulcini – Ascoli Piceno Dott. Alberto Pulcini |
| Oberholtzer & Martini – Vicenza Dott. Davide Oberholtzer Dott.ssa Alessia Colella Dott.ssa Silvia Schiro |
Studio Dentistico Sbricoli Dott. Luca – Padova Dott. Luca Sbricoli Dott.ssa Silvia Bobbo Dott. Davide Scettri Dott.ssa Benedetta Costa |
| Orizzonte Dentale – Torino Dott. Ivan Zanini Dott. Marco BuninoDott.ssa Simona Grosso |
Studio di Odontoiatria Ricostruttiva – Roma Dott. Luca Landi Dott.ssa Chiara Cappetta |
| PerioDental Studio di Fabrizi Dott. Simone – Frosinone Dott. Fabrizi Simone Dr.ssa Gemmiti Roberta |
Studio Gatti – Milano Dott. Claudio Gatti Dott. Fulvio Gatti |
| Poliambulatorio Gualini – Bergamo Dott. Giacomo Gualini |
Studio Giammarini – Fermo Dott. Andrea Giammarini |
| Recchia Ambulatorio Polispecialistico- Verona Dott.ssa Paola Chiaramonte Dott. Giorgio Stroppa |
Studio medico odontoiatrico Pellitteri Dott. Pellitteri – Bolzano Dott. Giuseppe Pellitteri |
| Studio Associato Odontoiatrico Tomasi Bottamedi Varotto – Trento Dott. Cristiano Tomasi Dott.ssa Sabrina BottamediDott.ssa Federica Medini |
Studio Odontoiatrico Associato Albertini Bertelle Conci – Trento Dott. Alberto Bertelle |
| Studio Carlo Ghezzi – Milano Dott. Carlo Ghezzi |
Studio Odontoiatrico dott. Tiziano Bombardelli – Trento Dott. Tiziano Bombardelli Dott.ssa Maria Oros Dott.ssa Romina Waldner |
| Studio Cavalcanti & Venezia – Bari Dott. Raffaele Cavalcanti Dott. Vittorio Blardi Dott.ssa Antonella Degennaro Dott.ssa Raisa Rosioara |
Studio Odontoiatrico Dott.ssa Silvia Masiero – Varese Dott.ssa Silvia Anna Masiero Dott. Simone Roatti Dott.ssa Silvia Musella |
| Studio Cenzi – Vicenza Dott. Alvise Cenzi Venezze |
Studio Odontoiatrico Dr. Donati Roberto – Trento Dott. Roberto Donati Dott.ssa Beatrice Marchiori Elena Sertinean |
| Studio Dentistico Associato – Dr. Broseghini M. e Dr. Dell’Acqua – Trento Dott. Federico Dell’Acqua Dott.ssa Serena Dell’Acqua Dott.ssa Giulia Dalmut Dott.ssa Karin Covi Dott. Betim Djaferi Dott.ssa Katarina Minarski |
Studio Odontoiatrico Guerino Paolantoni – Napoli Dott. Guerino Paolantoni Dott.ssa Chiara Galano Dott.ssa Elena Andolfi |
| Studio Dentistico Associato Dott. Tomasi – Ghensi – Varotto – Trento Dott. Paolo Ghensi Dott.ssa Daniela Vicentini |
Studio odontoiatrico Piacentini – Pavia Dott. Giacomo Piacentini Dott. Gianluca Spinoglio |
EIC Transition - PreBiomicsPMT™
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EIC Transition - PreBiomicsPMT™
Progetto in corso
IMPIANTI DENTALI: DIFFUSIONE E SFIDE CLINICHE
Gli impianti dentali sono una soluzione altamente efficace e ampiamente utilizzata nella moderna odontoiatria, con circa 30 milioni di procedure eseguite a livello globale ogni anno. Il mercato globale degli impianti dentali è stato valutato USD 5,11 miliardi nel 2025 e si prevede che raggiungerà USD 9,39 miliardi entro il 2034, con una crescita annua costante (CAGR) superiore al 7%.
Nonostante gli eccellenti risultati a lungo termine della terapia implantare, con tassi di sopravvivenza a 10 anni superiori al 95%, complicazioni tecniche e biologiche si verificano ancora in un numero significativo di casi. Tra queste, le malattie peri-implantari sono emerse come un importante problema clinico, con tassi di prevalenza comparabili a quelli delle malattie parodontali. Circa il 50% degli impianti dentali sviluppa mucosite peri-implantare, una condizione infiammatoria dei tessuti molli circostanti l’impianto causata dall’accumulo di placca batterica. Senza un intervento appropriato, la mucosite può evolvere in peri-implantite, una malattia più grave che coinvolge sia i tessuti molli che quelli duri e può portare alla perdita dell’impianto.
Nonostante l’elevata prevalenza di queste condizioni, i clinici affrontano ancora diverse limitazioni nella loro gestione. Attualmente, non esistono strumenti affidabili per valutare la gravità della malattia o prevederne la progressione, e nessun approccio terapeutico può garantire la completa risoluzione della mucosite o della peri-implantite. Di conseguenza, i professionisti dentali mancano di protocolli terapeutici standardizzati da seguire.
IL PROGETTO PREBIOMICSPMT™
Per affrontare questa sfida, il progetto PreBiomicsPMT™, finanziato dall’European Innovation Council (EIC) Transition Programme (Grant Agreement 101113004), si basa su diversi anni di ricerca condotta dal team PreBiomics sul ruolo del microbioma orale nelle malattie peri-implantari (PreBiomics Beta Program, ERC Proof of Concept – PB3P). Attraverso studi approfonditi sul microbioma effettuati prima del progetto, i ricercatori di PreBiomics hanno identificato specifiche firme microbiche associate alla salute peri-implantare, all’insorgenza della malattia e al rischio di progressione, fornendo importanti intuizioni biologiche sulle dinamiche microbiche alla base delle condizioni peri-implantari.
Partendo da questa base scientifica, il progetto PreBiomicsPMT™ è stato avviato con l’obiettivo di tradurre queste conoscenze in uno strumento clinico pratico che possa supportare i professionisti dentali nelle decisioni quotidiane. L’obiettivo è fornire ai clinici un sistema in grado non solo di supportare la diagnosi e il monitoraggio della malattia, ma anche di fornire raccomandazioni terapeutiche personalizzate basate sul profilo microbiologico di ciascun paziente, migliorando infine la gestione clinica e la longevità degli impianti dentali.
Per sviluppare questo sistema, è stato condotto uno studio prospettico multicentrico su oltre 110 cliniche dentali. I clinici partecipanti hanno raccolto campioni di placca sottogengivale e saliva, insieme a dati clinici completi, in due momenti distinti: baseline e follow-up a 6 mesi. Questo approccio longitudinale è stato essenziale per valutare l’efficacia del trattamento e gli effetti della terapia sul microbioma peri-implantare nel tempo.
Nel corso di due anni, i clinici hanno raccolto più di 6.000 campioni biologici, creando i più grandi dataset attualmente disponibili per lo studio dei microbiomi peri-implantari.
VERSO UNA GESTIONE PREDITTIVA E PERSONALIZZATA DEGLI IMPIANTI
L’analisi dei dati clinici ha confermato le sfide associate alla gestione di queste malattie. Al follow-up a sei mesi, solo il 44,9% dei pazienti con mucosite ha mostrato una completa risoluzione della malattia, mentre solo il 19% dei pazienti con peri-implantite ha evidenziato un miglioramento clinico, risultati coerenti con la letteratura scientifica attuale. In più della metà dei casi in entrambi i gruppi, la condizione clinica è rimasta stabile senza miglioramenti significativi rispetto alla diagnosi iniziale.
Integrando informazioni cliniche, storia del paziente e dati metagenomici del microbioma, il team PreBiomics ha sviluppato un Sistema di Supporto alle Decisioni (SSD) in grado di generare una classifica delle opzioni terapeutiche basata sulla probabilità prevista di successo per ciascun paziente. Parallelamente, è stata sviluppata una pipeline bioinformatica avanzata in grado di identificare geni di resistenza ad antibiotici e antisettici direttamente da campioni microbiomici complessi. Il sistema genera un resistance evidence report per i farmaci comunemente utilizzati in odontoiatria, aiutando i clinici a selezionare la terapia antimicrobica più appropriata riducendo il rischio di trattamenti inefficaci.
Con PreBiomicsPMT™, le decisioni terapeutiche possono essere guidate non solo dall’esperienza clinica o dalla gravità della malattia, ma anche dal profilo microbiologico individuale di ciascun paziente. Questo approccio aumenta la probabilità di successo terapeutico, promuove un uso più responsabile degli antibiotici e contribuisce a una gestione a lungo termine più efficace delle malattie peri-implantari.
Lista dei partecipanti

Più di 110 cliniche dentali hanno partecipato al progetto PreBiomicsPMT™, contribuendo alla raccolta di migliaia di cartelle cliniche e campioni biologici in due anni.
L’entusiasmo, l’impegno e la collaborazione dei clinici partecipanti sono stati essenziali per il successo del progetto. Il loro contributo ha reso possibile la costruzione di un dataset unico e ha svolto un ruolo chiave nello sviluppo di PreBiomicsPMT™, aiutando a trasformare anni di ricerca sul microbioma condotta da PreBiomics in uno strumento pratico per migliorare la gestione delle malattie peri-implantari.
Il team PreBiomics è sinceramente grato a tutte le cliniche che hanno partecipato allo studio per il loro supporto, la dedizione e la fiducia in questa iniziativa di ricerca.
- PerioDental Studio Fabrizi Dott. Simone
- Centro medico odontoiatrico Torrisi
- Centro odontoiatrico Dott. Oreglia
- Cos – Centro Odontoiatrico Sforza
- Dott. Andrea Giammarini
- Martina Stefanini
- Microdental Dott. Giovanni Sammarco
- Poliambulatorio Gualini
- Studio Associato Tomasi Bottamedi Varotto
- Studio Cavalcanti e Venezia
- Studio dentistico associato Graiff Sivolella
- Studio Dentistico Barcelli
- Studio Dentistico Donati
- Studio Dentistico Dr Manfrini Francesca
- Studio Dr. Broseghini & Dr. Dell’Acqua
- Studio Odontoiatrico ABC
- Studio odontoiatrico Piacentini
- Studio Masiero s.r.l.
- Zorzi dr. Thomas Odontoiatra
- Studio odontoiatrico Maurizio Lualdi
- STUDIO DENTISTICO DR. RUGGERI MARCO
- Studio dentistico Gasparini & Villani
- Centro medico e dentale progetto sorriso
- Maia dentis
- Studio odontoiatrico Del Dot
- Studio associato Ghensi & Varotto
- Studio odontoiatrico Dott. Stefano Danelli
- Studio dentistico Donati
- Studio Odontoiatrico Dott. Tommaso Cantoni
- Studio Odontoiatrico Colla
- Studio Dentistico Furri
- Studio Dentistico Associato Tobaldini Luciano e Tobaldini Alessia
- Studio dentistico ‘Del Dente
- Studio dentistico Vitali
- Studio dentistico Dott. Loris Sartori
- Studio Odontoiatrico Gatti
- In4 Studio Dentistico Associato-Dental Group
- Studio odontoiatrico Dott. Pompeo di Geronimo
- Studio dentistico Alberto Bassi
- Studio dentistico Bergo
- Giacomo Baima – Dental School Torino
- Simone Bossini
- Dental Friends
- Studio Dentistico Dr. Ceschini Massimiliano
- Anna Bevilacqua
- Studio Dentistico dott. Giovanni Manfrini
- Studio Fiorile
- Studio Dellasega
- Studio di Odontoiatria Dott. Graffer Dott. Sciacca
- Studio Giovannini
- Studio Odontoiatrico Alto Garda
- Studio odontoiatrico Dott. Marco Cinelli
- Studio Dentistico Pellegrini
- Università degli studi di Pavia / Studio Dott. Franco Vezzoni
- Studio Mazzocco-Paniz
- Studio Dentistico Dott. D’Amore Giuseppe
- Clinica Cappellina
- Studio Dentistico Maria Gabriella Grusovin
- Studio Professionale di Igiene Orale
- DENTAL AESTHETIC Dr M. Nucci
- Studio De Mar – Clinica Odontoiatrica
- SAN GIORGIO DENTAL CLINIC
- Dott.ssa Stefania Morittu
- Dott. Stefano Granelli
- Clinica del Sorriso Thiene
- Studio Dentistico Majoni
- EGE UNIVERSITY
- Clinica odontoiatrica Dott. Condorelli
- Studio dentistico associato Blasi
- Studio Odontoiatrico Annarumma
- Studio di Odontoiatria dott. A. Coscarella
- Depalo srl
- Studio dentistico Grossi
- Iorio Siciliano Odontoiatrica stp srl
- Centro odontoiatrico Valsesia
- Studio dentistico Lanzafame
- Studio odontoiatrico Ruggeri
- Studio dentistico Viola
- Studio Beltempo
- Studio Tognetti
- Osigea Odontoiatria Roma
- Studio Odontoiatrico Associato Moufti
- ORIS TEAM SRL Studio Odontoiatrico
- Santagati & Caggegi Odontoiatria SRL
- Studio Odontoiatrico Dr. Mariconti Claudio
- Studio Odontoiatrico Della Ciana Riccardo
- Studio dentistico Sassudelli
- Aemilia Medical Center
- Università degli studi di Chieti
- Centro Avanguardia
- CSO centro specialistico odontoiatrico
- Centro odontoiatrico Humanis
- Studio dentistico Cusano Cardoni
- San Damiano Dental
- Paoli Dental Center
- Studio dentistico 32 Sens
- Studio De Mar (2) – Clinica Odontoiatrica
- Studio dentistico Belsorriso
- Studio dentistico Panella
- Studio Dentistico Mattara
- Marelli Health

Funded by the European Union. Views and opinions expressed are however those of the author(s) only and do not necessarily reflect those of the European Union. Neither the European Union nor the granting authority can be held responsible for them. Grant Agreement n° 101113004.
ERC Proof of Concept - PB3P
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ERC Proof of Concept - PB3P
Progetto concluso
Valorizzando i risultati del PreBiomics Beta Program, il progetto PB3P ha utilizzato le metodologie high-throughput della metagenomica per esplorare la diversità microbica all’interno dei campioni orali.
Nel corso del progetto PB3P abbiamo identificato e isolato 100 colonie batteriche associate al batterio Fusobacterium nucleatum, il quale ha un ruolo cruciale nello sviluppo delle malattie perimplantari. Abbiamo caratterizzato le firme microbiche degli impianti dentali sani e di quelli affetti da mucosite e perimplantite, di cui le ultime composte principalmente da specie PiRC™ e da nuove specie batteriche non ancora caratterizzate. Utilizzando i genomi ricostruiti e gli isolati, abbiamo ampliato l’albero filogenetico di F. nucleatum identificando 5 diverse sottospecie e caratterizzandone i profili antibiotici e la presenza di fattori di virulenza.

